BioMCP 生物医学模型上下文协议工具

通过模型上下文协议为大型语言模型提供对关键生物医学数据库（包括PubTator3（PubMed/PMC）、ClinicalTrials.gov和MyVariant.info）的结构化访问。

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3.4k 查看 · 2026-07-07 更新

简介

通过模型上下文协议为大型语言模型提供对关键生物医学数据库（包括PubTator3（PubMed/PMC）、ClinicalTrials.gov和MyVariant.info）的结构化访问。

简介

通过模型上下文协议为大型语言模型提供对关键生物医学数据库（包括PubTator3（PubMed/PMC）、ClinicalTrials.gov和MyVariant.info）的结构化访问。

BioMCP: 生物医学模型上下文协议

BioMCP 是一个开源（MIT 许可证）工具包，它为 AI 助手和代理提供了专门的生物医学知识。它遵循模型上下文协议 (MCP) 构建，将 AI 系统连接到权威的生物医学数据源，使它们能够精准且深入地回答关于临床试验、科学文献和基因变异的问题。

为什么选择 BioMCP？

虽然大型语言模型具有广泛的一般知识，但它们通常缺乏特定领域的专业知识或访问最新资源的能力。BioMCP 通过以下方式填补了生物医学领域的这一空白：

提供结构化访问临床试验、生物医学文献和基因变异
支持对专业数据库进行自然语言查询而无需了解其具体语法
通过一致的接口支持生物医学研究工作流程
作为 AI 助手和代理的MCP 服务器运行

生物医学数据源

BioMCP 集成了三个关键的生物医学数据源：

PubTator3/PubMed - 带有实体注释的生物医学文献
ClinicalTrials.gov - 临床试验注册表和结果数据库
MyVariant.info - 来自多个数据库的综合遗传变异注释

可用的 MCP 工具

PubMed & PubTator3

article_searcher: 按基因、疾病、变异或关键词搜索文章
article_details: 获取包括摘要和全文在内的详细文章信息

ClinicalTrials.gov

trial_searcher: 通过条件、干预、阶段等进行高级试验搜索
trial_protocol: 详细的试验方案信息
trial_locations: 试验地点和联系信息
trial_outcomes: 结果和结局指标
trial_references: 相关出版物

MyVariant.info

variant_searcher: 使用复杂的过滤器搜索遗传变异
variant_details: 来自多个来源的全面注释（CIViC, ClinVar, COSMIC, dbSNP 等）

快速开始

对于 Claude Desktop 用户

如果还没有安装 uv（推荐），请先安装 uv：

# MacOS
brew install uv

# Windows/Linux
pip install uv

配置 Claude Desktop：

打开 Claude Desktop 设置
导航到开发者部分
点击“编辑配置”并添加：

{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--with", "biomcp-python", "biomcp", "run"]
    }
  }
}

重启 Claude Desktop 并开始讨论生物医学话题！

Python 包安装

# Using pip
pip install biomcp-python

# Using uv (recommended for faster installation)
uv pip install biomcp-python

# Run directly without installation
uv run --with biomcp-python biomcp trial search --condition "lung cancer"

命令行界面

BioMCP 提供了一个全面的 CLI 以直接与数据库交互：

# Get help
biomcp --help

# Run the MCP server
biomcp run

# Examples
biomcp article search --gene BRAF --disease Melanoma
biomcp article get 21717063 --full
biomcp trial search --condition "Lung Cancer" --phase PHASE3
biomcp trial get NCT04280705 Protocol
biomcp variant search --gene TP53 --significance pathogenic
biomcp variant get rs113488022

测试与验证

使用 MCP Inspector 测试您的 BioMCP 设置：

npx @modelcontextprotocol/inspector uv run --with biomcp-python biomcp run

这将打开一个网页界面，您可以在其中探索和测试所有可用工具。

企业版：OncoMCP

OncoMCP 在 BioMCP 的基础上扩展了 GenomOncology 的企业级精准肿瘤平台（POP），提供以下功能：

符合 HIPAA 的部署：安全的本地部署选项
实时试验匹配：最新状态和分组级别匹配
医疗集成：无缝 EHR 和数据仓库连接
精选知识库：15,000 多项试验和 FDA 批准
高级患者匹配：使用集成的临床和分子档案
高级 NLP：从非结构化文本中进行结构化提取
全面的生物标志物处理：突变和规则处理

了解更多：GenomOncology

MCP 注册表

文档

如需完整的文档，请访问 https://biomcp.org

BioMCP 示例仓库

想看看 BioMCP 的实际应用吗？

请查看配套仓库： 👉 biomcp-examples

该仓库包含真实的提示、AI 生成的研究简报以及不同模型的评估运行。您可以使用它来探索功能、比较输出或基准测试您的设置。

有自己的精彩示例？ 我们非常欢迎您贡献！ 只需 fork 该仓库并提交带有您实验的 PR 即可。

许可证

本项目采用 MIT 许可证。

服务配置

[{'mcpServers': {'biomcp': {'args': ['run', '--with', 'biomcp-python', 'biomcp', 'run'], 'command': 'uv'}}}]

来源

来源：github
链接：https://github.com/genomoncology/biomcp