1.supplementaryalignmentsupplementaryalignment是指一条read的一部分和参考区域1比对成功，另一部分和参考区域2比对成功，参考区域1和参考区域2没有交集（或很少），那么一条read就会产生两条sam文件，将其中的一条sam文件作为representalignment，而另一条作为supplement